La gouvernance du projet ARSCOP est assurée par :
Un Comité de Direction
Le Comité de direction, comité décisionnel du projet, définit les orientations stratégiques du Projet et arrête les programmes et les budgets annuels. Il est composé d’un représentant de chacun des partenaires.
Un Comité de Pilotage
Le Comité de pilotage coordonne le Projet et veille à la cohérence des travaux. Il est mandaté par le Comité de direction et est composé des pilotes des groupes thématiques et de conseillers scientifiques et techniques.
Il définit, entre autres, avec précision les actions de recherche à entreprendre dans le cadre du Projet, qui sont ensuite approuvées par le Comité de direction.